В письме от 07.02.2012 № ЕД-4-3/1838 ФНС России разъяснила, что сведения о доходах физического лица по форме 2-НДФЛ за работников обособленного подразделения представляются в налоговый орган по месту его нахождения. При этом данные по работникам закрытого подразделения могут быть представлены в инспекцию по месту учета головной организации.

Такое же мнение высказано в письме Минфина России от 16.12.2011 № 03-04-06/3-348 (подробнее см. здесь).

Кроме того, ФНС России отметила, что при заполнении такой Справки в п. 1.1 разд. 1 указываются ИНН организации и КПП обособленного подразделения, а в п. 1.3 разд. 1 – код ОКАТО обособленного подразделения.

По данному вопросу см. также Справочник «НДФЛ»