Если организация имеет два КПП (в качестве крупнейшего налогоплательщика и по месту нахождения), то в счете-фактуре следует указывать КПП, который присвоен ей как крупнейшему налогоплательщику.

К такому выводу Минфин России пришел в письме от 20.08.2015 № 03-07-09/49236. Свою позицию финансовое ведомство обосновало следующим. Согласно установленному порядку крупнейший налогоплательщик представляет декларацию по НДС в налоговый орган по месту постановки на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика. В этой декларации он указывает КПП, присвоенный ему этим налоговым органом.

В целях обеспечения эффективности администрирования НДС этот же КПП следует указывать при заполнении счетов-фактур.

Подробнее о заполнении счета-фактуры см. справочник "Налог на добавленную стоимость".