В соответствии с действующими нормами НК РФ если налогоплательщик получил из федерального бюджета субсидию на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), то принятую ранее к вычету сумму НДС по ним нужно восстановить (пп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ). Следовательно, в отношении субсидий, выделенных из иных бюджетов на возмещение указанных затрат, данная норма не действует.

Статьей 41 Бюджетного кодекса РФ установлено, что источником доходов бюджета субъекта РФ могут быть безвозмездные поступления из федерального бюджета: субсидии, субвенции, иные межбюджетные трансферты.

По мнению финансового ведомства, если налогоплательщик НДС получил субсидию из регионального бюджета, источником которой являются средства федерального бюджета, то положения пп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ не применяются. Такая субсидия не может рассматриваться как субсидия, предоставленная из федерального бюджета. Следовательно, восстанавливать НДС не нужно.

Данный вывод привел Минфин России в письме от 10.07.2015 № 03-07-15/39765 (направлено письмом ФНС России от 17.08.2015 № ГД-4-3/14437@).

Подробнее о восстановлении НДС при получении субсидии см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".