Если гражданин Белоруссии работает дистанционно за пределами России, НДФЛ с его заработной платы не удерживается.
Чтобы определить, нужно ли с того или иного дохода удерживать НДФЛ, а также применить верную ставку налога, необходимо установить налоговый статус физлица: признается он налоговым резидентом РФ или нет. Так, налоговыми резидентами являются граждане, фактически находящиеся в России не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев (п. 2 ст. 207 НК РФ).
Если в штате организации состоит сотрудник, работающий за границей, он не может быть признан налоговым резидентом РФ. Согласно п. 2 ст. 209 НК РФ НДФЛ облагаются только те доходы нерезидентов, которые получены от источника в России. При этом вознаграждение за выполнение трудовых обязанностей за пределами России относится к доходам от источников за пределами России. Следовательно, когда подобный доход выплачивается физлицу-нерезиденту, НДФЛ удерживать не требуется.
Минфин России в письме от 15.07.2015 № 03-04-06/40525 указал, что перечисленные нормы НК РФ применимы и к ситуации, когда работодатель выплачивает заработную плату гражданам Белоруссии, работающим дистанционно на территории республики Беларусь. Аналогичное мнение финансовое ведомство высказало в письме от 02.04.2015 № 03-04-06/18203.
Подробнее об удержании НДФЛ с заработной платы нерезидентов см. справочник "Налог на доходы физических лиц".