В письме от 21.05.2015 № ГД-4-3/8565 ФНС России напомнила, что при приобретении услуг по перевозке работников к месту служебной командировки и обратно НДС принимается к вычету на основании авиабилета, в котором сумма налога выделена отдельной строкой. В этом случае в книге покупок регистрируется авиабилет, выданный работнику и включенный им в отчет о служебной командировке (п. 18 Правил ведения книги покупок, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Этот порядок применяется как при приобретении работником авиабилета за наличный расчет, так и при приобретении билета (в том числе представителем организации) за безналичный расчет.

По вопросу составления счетов-фактур в обоих случаях налоговое ведомство пояснило следующее. При приобретении авиабилетов за наличный расчет счета-фактуры не составляются, поскольку (на основании п. 7 ст. 168 НК РФ) требования по их выставлению считаются выполненными, если продавец выдал покупателю кассовый чек или иной документ установленной формы (например, авиабилет). При оплате авиабилетов в безналичном порядке авиакомпании также имеют право счета-фактуры не составлять, так как физические лица, приобретающие билеты (работники или представители организации) налогоплательщиками НДС не являются и налог к вычету не принимают.

Подробнее о вычете НДС по командировочным расходам см. справочник "Налог на добавленную стоимость".