Организации, имеющие транспортные средства массой свыше 12 тонн, вправе уменьшить транспортный налог, исчисленный по этим транспортным средствам, на сумму платы в счет возмещения вреда, причиняемого автомобильным дорогам общего пользования (п. 2 ст. 362 НК РФ).

Порядок взимания платы установлен Правилами, утвержденными постановлением Правительства РФ от 14.06.2013 № 504.

Из Правил не вполне ясно, как определить сумму платы, которая учитывается при исчислении транспортного налога, так как эта плата вносится следующим образом. До начала движения транспортного средства собственник автомобиля вносит оператору плату, рассчитанную исходя из протяженности планируемого маршрута (т.е. вносит авансовый платеж), а затем оператор рассчитывает плату исходя из фактически пройденного маршрута, которую и перечисляет в бюджет.

В письме от 26.01.2017 № 03-05-05-04/3747 Минфин России разъяснил, что применение вычета при исчислении транспортного налога в сумме уплаченного авансового платежа в счет планируемых маршрутов является неправомерным. Вычет должен применяться исходя из размера платы, указанного в маршрутном листе или реестре (за соответствующий календарный год).

Таким образом, транспортный налог уменьшает плата, рассчитанная исходя из пути, фактически пройденного автомобилем.

Подробнее об исчислении транспортного налога см. в справочнике "Транспортный налог".