Согласно разъяснениям ФНС России, если зарплата за сентябрь 2016 года выплачена 30 числа, то эта операция отражается в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за 9 месяцев 2016 года и в разделе 2 расчета за 2016 год. Подробнее см. здесь.

В письме от 15.12.2016 № БС-4-11/24065@ ФНС России сообщила, что если этот порядок не выполнен и операция по выплате зарплаты за сентябрь полностью отражена в расчете 6-НДФЛ за 9 месяцев 2016 года (заполнены разделы 1 и 2), то представлять уточненный расчет за этот период не нужно. Объясняется это тем, что такое отражение операции не привело к занижению или завышению суммы НДФЛ, подлежащей перечислению в бюджет, а именно эти обстоятельства являются основанием для представления уточненного расчета исходя из норм п. 6 ст. 81 НК РФ.

ФНС отметила, что зарплату за сентябрь, которая полностью отражена в расчете 6-НДФЛ за 9 месяцев 2016 года, повторно указывать в расчете 6-НДФЛ за 2016 год не требуется.

Подробнее о составлении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".