Согласно п. 4 ст. 226 НК РФ налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму НДФЛ непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

Таким образом, при выплате зарплаты за декабрь 2016 года в январе 2017 года НДФЛ должен быть удержан в январе.

В письме от 29.11.2016 № БС-4-11/22677@ ФНС России разъяснила, что в отношении этого налога расчет по форме 6-НДФЛ заполняется следующим образом. НДФЛ необходимо отразить в расчете 6-НДФЛ за 2016 год по строке 040 раздела 1. При этом остальные строки в этом расчете не заполняются. Кроме того, налог следует отразить в расчете 6-НДФЛ за 1-й квартал 2017 года по строке 070 раздела 1. Также в отношении данной зарплаты необходимо заполнить раздел 2 в указанном расчете.

Подробнее о заполнении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".