Целевая субсидия зачисляется на отдельный лицевой счет, открываемый учреждению в территориальном органе Федерального казначейства, финансовом органе (п. 8 ст. 9.2 Федерального закона от 12.01.1996 № 7-ФЗ, ч. 8 ст. 30 Федерального закона от 08.05.2010 № 83-ФЗ, ч. 3, 3.1, 3.7 ст. 2 Федерального закона от 03.11.2006 № 174-ФЗ). Операции с субсидиями на иные цели учитываются с указанием аналитического кода 5 в разряде 18 номеров счетов.

Расходы за счет целевой субсидии допускаются только после проверки документов, подтверждающих возникновение денежных обязательств, и соответствия содержания расходных операций целям предоставления субсидии (ч. 16 ст. 30 Федерального закона от 08.05.2010 № 83-ФЗ, ч. 3.10 ст. 2 Федерального закона от 03.11.2006 № 174-ФЗ). Порядок санкционирования расходов федеральных бюджетных и автономных учреждений, источником финансового обеспечения которых являются целевые субсидии, утвержден приказом Минфина России от 16.07.2010 № 72н.

Как отражать расходование целевой субсидии, в т.ч. на счетах санкционирования, показано в новых практических статьях справочника хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для бюджетных и автономных учреждений.