Организация выплатила сотруднику обособленного подразделения вознаграждение больше положенного. НДФЛ был удержан и перечислен в бюджет.

Позже организация обнаружила, что заплатила сотруднику лишние суммы и удержала излишний НДФЛ. К этому моменту обособленное подразделение было ликвидировано. ФНС России в письме от 12.09.2016 № БС-4-11/17018@ разъяснила порядок возврата налога в такой ситуации.

Ведомство напомнило, что сумма НДФЛ, излишне удержанная с налогоплательщика, возвращается ему на основании письменного заявления. Возврат производится за счет сумм налога, подлежащих перечислению в бюджет (п. 1 ст. 231 НК РФ). Особого порядка возврата излишне удержанного НДФЛ сотруднику, работавшему в ликвидированном обособленном подразделении, НК РФ не предусматривает.

Кроме того, возврат переплаты налога не зависит от того, вернул ли сотрудник излишне полученную зарплату работодателю.

Таким образом, если переплата НДФЛ обнаружена после ликвидации обособленного подразделения, возврат излишне удержанного налога производится по общим правилам. При этом возвращать излишне удержанный налог будет организация (как налоговый агент).

Подробнее о возврате излишне удержанного налога см. справочник "Налог на доходы физических лиц".