ФНС России выпустила письмо от 09.11.2016 № БС-4-11/21223@, в котором напомнила, что организации с обособленными подразделениями расчет по форме 6-НДФЛ должны заполнять отдельно по каждому подразделению, включая случаи, когда обособленные подразделения находятся в одном муниципальном образовании.

Расчеты представляются в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений. При этом организации, отнесенные к категории крупнейших налогоплательщиков, могут представлять расчеты, заполненные в отношении работников обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений.

Налоговое ведомство отметило, что при заполнении расчета 6-НДФЛ в отношении работников обособленного подразделения по строке "КПП" указывается КПП, который присвоен организации по месту нахождения ее обособленного подразделения.

Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

О составлении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".