Если организация в 2016 году вернула работнику НДФЛ, который излишне удержан из его дохода в 2015 году, то сумму возврата следует отразить по строке 090 раздела 1 расчета по форме 6-НДФЛ за соответствующий период 2016 года. При этом в разделе 2 расчета эта сумма не указывается.

Такие разъяснения даны в письме ФНС России от 14.11.2016 № БС-4-11/21536@.

Налоговое ведомство отметило, что помимо этого организация должна представить в налоговый орган уточненную справку по форме 2-НДФЛ за 2015 год, заполненную в отношении указанного работника.

Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

Подробнее о составлении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".