Излишне удержанный НДФЛ должен возвращать налоговый агент, а не налоговый орган.

Нередко налоговые агенты удерживают излишние суммы НДФЛ из дохода граждан. Вернуть эти суммы обязаны также налоговые агенты по заявлению налогоплательщика-физлица по правилам ст. 231 НК РФ. На возврат дается 3 месяца с даты получения заявления.

Обязанность вернуть излишне удержанный НДФЛ не может быть переложена на налоговый орган, если есть налоговый агент, который выплачивает доход гражданину. Если налоговый агент отказывает в возврате, гражданин может обжаловать это в суде. Такие разъяснения дал Минфин России в письме от 27.09.2016 № 03-04-05/56176. Аналогичные разъяснения финансисты давали и ранее (см. письмо Минфина России от 06.07.2016 № 03-04-10/39533).

В этом письме уточняется, что возврат НДФЛ, который излишне удержан одним налоговым агентом, другой налоговый агент произвести не может, так как такой порядок не предусмотрен НК РФ.

Подробнее процедура возврата НДФЛ приведена в справочнике "Налог на доходы физических лиц".