Согласно п. 1 ст. 122 НК РФ за неуплату, неполную уплату налога в результате занижения налоговой базы или иного неправильного исчисления налога на плательщика налагается штраф в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога.

По действующим правилам этот штраф налагается, в частности, если налогоплательщик представил уточненную декларацию с суммой налога к доплате, но до ее представления не уплатил недостающую сумму налога и соответствующие ей пени. Штраф исчисляется от суммы налога, дополнительно исчисленной в уточненной декларации.

ФНС России в письме от 14.11.2016 № ЕД-4-5/21472@ разъяснила, как рассчитывается штраф, если налогоплательщик представил в налоговый орган несколько уточненных деклараций за соответствующий отчетный (налоговый) период.

Налоговое ведомство указало, что штраф в этом случае рассчитывается на основании последней уточненной декларации (без учета предыдущих уточненных деклараций) и определяется исходя из суммы налога, ранее не исчисленной в первоначальной декларации.

Ссылаясь на постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57, ФНС России также отметила, что штраф, предусмотренный ст. 122 НК РФ, налагается только в том случае, если доначисление налога в уточненной декларации привело к возникновению задолженности по налогу. Следовательно, если у налогоплательщика есть переплата в размере (или более) доначисленного налога, штраф налагаться не должен.