В письме от 26.10.2016 № 03-07-11/62251 Минфин России пришел к выводу, что при расчете пропорции для целей раздельного учета НДС необходимо учитывать стоимость переданного в УК имущества.

Если приобретенные товары (работы, услуги) используются одновременно в операциях, которые облагаются и не облагаются НДС, "входящий" НДС можно принять к вычету (учесть в их стоимости) в определенной пропорции (п. 4 ст. 170 НК РФ). Пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), реализация которых облагается (освобождается от) НДС, в общей стоимости отгрузки за налоговый период (п. 4.1 ст. 170 НК РФ).

Передачу имущества в уставный капитал финансисты относят к операциям, которые не облагаются НДС, ведь (в соответствии с пп. 4 п. 3 ст. 39 НК РФ) реализации в данном случае не возникает. Поэтому стоимость такого имущества следует включить в пропорцию для раздельного учета НДС как необлагаемую (письмо Минфина России от 26.02.2016 № 03-07-11/10717).