Если договором с контрагентом неустойка (штраф, пени) предусмотрена в качестве меры ответственности и не формирует стоимость товаров (работ, услуг), она не облагается НДС у продавца.

К подобному выводу Минфин России (соглашаясь с точкой зрения Президиума ВАС РФ в постановлении от 05.02.2008 № 11144/07) пришел в разъяснении от 04.03.2013 № 03-07-15/6333 (доведенном до налоговых инспекций письмом ФНС России от 03.04.2013 № ЕД-4-3/5875).

Такой же позиции ведомство придерживается и в настоящее время (см. письмо от 05.10.2016 № 03-07-11/57924).

Специалисты Минфина России указывают, что база по НДС (согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ) увеличивается только на суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Неустойка – это денежная сумма, которую должник обязан (по закону или договору) уплатить кредитору, в частности, в случае просрочки исполнения обязательства (п. 1 ст. 330 ГК РФ). В подобной ситуации она не является элементом ценообразования в отношении реализуемых товаров (работ, услуг), т.е. не связана с их оплатой. Поэтому НДС на нее не начисляется.

Подробнее об исчислении НДС в случаях, когда неустойка выплачена продавцу или покупателю, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".