Организация, которая арендует имущество субъекта РФ или муниципальное имущество, исполняет обязанности налогового агента по НДС (абз. 1 п. 3 ст. 161 НК РФ). Налоговая база определяется по ставке 18/118 в момент оплаты аренды.

Как налоговому агенту отражать аренду муниципального имущества см. в актуализированной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":

• Аренда муниципального имущества (налоговый агент по НДС).