Согласно п. 3 ст. 169 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), освобождаемых от НДС на основании ст. 149 НК РФ, поставщик не обязан выставлять покупателю счет-фактуру.

В письме от 17.08.2016 № 03-07-03/48174 Минфин России указал, что если такой поставщик выставил покупателю счет-фактуру с выделенной суммой НДС, но налог в бюджет не перечислил, то покупатель не вправе принять предъявленный НДС к вычету, поскольку в этом случае в бюджете отсутствует источник для возмещения налога.

Ссылаясь на определение Верховного Суда РФ от 05.10.2015 № 305-КГ15-10553, Минфин в письме также отметил, что в рассматриваемой ситуации покупатель вправе обратиться к своему поставщику с требованием возвратить необоснованно перечисленный налог с уплатой процентов за пользование его денежными средствами.

Подробнее о том, можно ли применить вычет, если счет-фактура выставлен неплательщиком НДС, см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".