Если организация оплачивает проезд и проживание физлица, которое выполняет работы (оказывает услуги) по гражданско-правовому договору, то сумма такой оплаты признается доходом физлица и облагается НДФЛ. Основанием для этого являются п. 1 ст. 210 и пп. 1 п. 2 ст. 211 НК РФ, согласно которым при определении налоговой базы по НДФЛ учитываются доходы физического лица, полученные им в натуральной форме. Например, оплата организацией товаров (работ, услуг) в интересах этого физлица.

Такую точку зрения высказал Минфин России в письме от 08.08.2016 № 03-04-06/46423. Финансовое ведомство отметило, что доходы, облагаемые НДФЛ, возникают также в том случае, если указанные расходы физическое лицо осуществило самостоятельно, но организация их компенсировала. Однако в рассматриваемой ситуации физлицо имеет право на профессиональный налоговый вычет по НДФЛ в сумме расходов, подтвержденных документально.

Подробнее об исчислении НДФЛ с оплаты по гражданско-правовому характеру см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".