По общему правилу организация, на которую зарегистрированы транспортные средства, должна уплачивать транспортный налог (ст. 357 НК РФ). Уплата налога происходит по месту нахождения организации (обособленного подразделения), см. п. 1 ст. 363 НК РФ, пп. 2 п. 5 ст. 83 НК РФ.

Поэтому если в течение налогового периода транспортное средство перерегистрировано на обособленное подразделение, расположенное в другом регионе РФ, уплачивать транспортный налог следует в разные региональные бюджеты. Как в этом случае рассчитать транспортный налог (авансовый платеж), Минфин России пояснил в письме от 11.08.2016 № 03-05-05-04/47037.

Финансисты напомнили, что если транспортное средство регистрируется (снимается с регистрации) в течение налогового (отчетного) периода, то сумма транспортного налога (авансового платежа) рассчитывается с учетом коэффициента. Коэффициент представляет собой отношение количества полных месяцев обладания транспортным средством к числу месяцев в налоговом (отчетном) периоде (абз. 1 п. 3 ст. 362 НК РФ).

Полным признается месяц, в котором (абз. 2 п. 3 ст. 362 НК РФ):

• регистрация транспортного средства произошла до 15-го числа включительно;
• снятие транспортного средства с регистрации произошло после 15-го числа месяца.

В остальных случаях месяц регистрации (снятия с регистрации) полным не является и не учитывается (абз. 3 п. 3 ст. 362 НК РФ).

Таким образом, финансовое ведомство пришло к выводу, что указанные особенности расчета транспортного налога (авансового платежа) необходимо применять и в случае перерегистрации транспортного средства на обособленное подразделение, расположенное в другом субъекте РФ.

Подробнее об исчислении транспортного налога см. в справочнике "Транспортный налог".