Для применения вычета НДС по расходам на командировки (в том числе расходам на проезд к месту командировки и обратно, а также расходам по найму жилья) в книге покупок регистрируются заполненные в установленном порядке бланки строгой отчетности или их копии с выделенной отдельной строкой суммой НДС, выданные работнику и включенные им в отчет о служебной командировке (п. 18 Правил ведения книги покупок, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).

В письме от 11.08.2016 № 03-07-11/47114 Минфин России разъяснил, что в аналогичном порядке принимается к вычету НДС при компенсации организацией расходов на проезд и по найму жилья работникам с разъездным характером работы. Таким образом, для применения вычета НДС по указанным расходам организация должна зарегистрировать в книге покупок вышеназванные документы.

Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

О вычете НДС по командировочным расходам см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".