Согласно действующему порядку комиссионер, реализующий товары комитента от своего имени, выставляет покупателям счета-фактуры, которые регистрирует в части 1 "Выставленные счета-фактуры" журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур по дате их выставления. При этом в графе 12 части 1 журнала комиссионер должен указывать номер и дату счета-фактуры, который выставил ему продавец-комитент и который он зарегистрировал в части 2 "Полученные счета-фактуры" журнала. При этом в графу 12 части 1 переносятся данные из графы 4 части 2 журнала.

В письме от 27.04.2015 № 03-07-11/24223 Минфин России разъяснил, как комиссионеру заполнить графу 12, если счет-фактуру от комитента он получил после завершения того налогового периода, в котором выставил счет-фактуру покупателю. По мнению финансового ведомства, в подобном случае счет-фактуру, полученный от комитента, комиссионер регистрирует в графе 4 части 2 журнала в периоде получения. При этом в графу 12 части 1 журнала он должен внести уточнения за тот налоговый период, в котором был зарегистрирован счет-фактура, выставленный покупателю, указав в ней номер и дату счета-фактуры комитента из графы 4 части 2 журнала текущего налогового периода. После внесения изменений в часть 1 налогоплательщику следует представить в налоговый орган уточненную декларацию по НДС за соответствующий налоговый период.

В письме Минфин России обратил внимание, что при неотражении комиссионером в графе 12 части 1 журнала номера и даты счета-фактуры, выставленного ему комитентом, налоговый орган при проведении камеральной проверки декларации по НДС вправе истребовать у налогоплательщика счета-фактуры, первичные и иные документы, относящиеся к указанным операциям.

Подробнее о ведении журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур см. справочник "Налог на добавленную стоимость".