При возврате покупателем товара, не принятого на учет, продавец должен выставить корректировочный счет-фактуру.
Согласно действующему законодательству при реализации товаров (работ, услуг) продавец в течение 5 дней со дня отгрузки должен выставить счет-фактуру (абз. 1 п. 3 ст. 168 НК РФ).
Однако цена и (или) количество отгруженного товара может измениться. В таком случае продавцу следует выставить корректировочный счет-фактуру. Обязательное условие – наличие договора, соглашения или иного первичного документа, подтверждающего согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров (абз. 3 п. 3 ст. 168 НК РФ, п. 10 ст. 172 НК РФ).
Таким образом, по мнению представителей финансового ведомства, при возврате части товаров, которые не были приняты покупателем на учет, продавцу следует выставлять корректировочные счета-фактуры на стоимость товаров, возвращенных покупателем. В этом случае основанием для принятия продавцом к вычету суммы НДС по возвращенным товарам будет корректировочный счет-фактура (п. 13 ст. 171 НК РФ).
Данные разъяснения приведены Минфином России в письме от 01.04.2015 № 03-07-09/18053.
Подробнее о выставлении корректировочного счета-фактуры см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".