Налогоплательщик вправе принять к вычету сумму НДС по приобретенным товарам (работам, услугам). Это возможно, если они используются в деятельности, облагаемой НДС (пп. 1 п. 2 ст. 171 НК РФ).

По общему правилу налоговая база по НДС при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг) рассчитывается как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со ст. 105.3 НК РФ, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них НДС (п. 1 ст. 154 НК РФ).

При этом по договору транспортной экспедиции клиент обязан уплатить экспедитору вознаграждение, а также возместить расходы, понесенные последним в интересах клиента (п. 2 ст. 5 Федерального закона от 30.06.2003 № 87-ФЗ "О транспортно-экспедиционной деятельности").

Исходя из этого, в налоговую базу по НДС у экспедитора включается вознаграждение, полученное им за услуги, оказанные клиенту. При этом к вычету у экспедитора принимаются суммы НДС, предъявленные по товарам (работам, услугам), приобретенным для оказания транспортно-экспедиционных услуг, расходы по которым клиентом не возмещаются.

Данный порядок применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, облагаемых НДС по ставкам 0 и 18 процентов.

Такие разъяснения приведены Минфином России в письме от 26.03.2015 № 03-03-06/1/16691.