Организации обязаны перечислять НДФЛ, удержанный с доходов работников обособленных подразделений, в бюджет по месту нахождения этих подразделений. В общем случае за несвоевременную уплату налога начисляются пени. Вместе с тем пени не начисляются, если указанный НДФЛ перечислен в бюджет по месту нахождения головной организации.

Такие разъяснения даны в письме ФНС России от 07.04.2015 № БС-4-11/5717@.

Ссылаясь на обширную арбитражную практику, налоговое ведомство отметило следующее. Согласно ст. 75 НК РФ пени начисляются за несвоевременную уплату налога. Перечисление НДФЛ, удержанного с работников обособленного подразделения, в бюджет по месту нахождения организации не является основанием для начисления пеней, если налог поступил в бюджет своевременно и в полном объеме.

Начисление пеней возможно только в случае, если у налогоплательщика есть фактическая задолженность перед бюджетом. Если такой задолженности нет, взыскание пеней неправомерно.

Ранее контролирующие органы высказывали аналогичную точку зрения (письма Минфина России от 10.10.2014 № 03-04-06/51010, ФНС России от 02.08.2013 № БС-4-11/14009).

Подробнее об уплате НДФЛ налоговым агентом см. справочник "Налог на доходы физических лиц".