По общему правилу продавец обязан выставить счет-фактуру при совершении операций, облагаемых НДС. Однако по письменному согласию контрагентов счет-фактуру можно не оформлять, если покупатель товаров (работ, услуг) не является плательщиком НДС (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ).

Счет-фактуру следует составлять как при отгрузке товаров (работ, услуг), так и в случае получения аванса от покупателя (п. 3 ст. 168 НК РФ).

Исходя из этого, при наличии письменного согласия сторон сделки продавец вправе не выставлять счет-фактуру по авансу, полученному от покупателя, применяющего УСН.

Такие разъяснения привел Минфин России в письме от 16.03.2015 № 03-07-09/13808.

Подробнее о выставлении счета-фактуры см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".