По общему правилу применение ПСН индивидуальным предпринимателем предусматривает его освобождение от обязанностей плательщика НДС (п. 11 ст. 346.43 НК РФ).

В случае несвоевременной уплаты налога такой предприниматель считается утратившим право на применение ПСН и должен уплатить налоги по общей системе налогообложения (НДФЛ, налог на имущество, НДС) за соответствующий период (п. 6, 7 ст. 346.45 НК РФ). Также следует подать необходимые налоговые декларации и расчеты (пп. 4 п. 1 ст. 23 НК РФ).

Декларация по НДС представляются не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом (ст. 163, п. 5 ст. 174 НК РФ). Однако в связи с тем, что срок подачи декларации по НДС в данном случае нормами НК РФ не установлен, ответственность за ее несвоевременное представление по ст. 119 НК РФ отсутствует. Такое мнение высказали специалисты ФНС России в письме от 23.01.2015 № ЕД-4-15/888@.

Подробнее об утрате права на ПСН см. в справочнике "Патентная система налогообложения".