В соответствии с п. 9 ст. 167 НК РФ право на применение нулевой ставки НДС налогоплательщик должен подтвердить. Для этого требуется подать в налоговый орган документы по перечню из ст. 165 НК РФ в 180-дневный срок с даты помещения товаров под соответствующую таможенную процедуру (например, экспорта, свободной таможенной зоны, перемещения припасов). Если в надлежащий срок документы не будут представлены, НДС исчисляется и уплачивается по ставке 18 процентов. Перечисленный НДС в последующем можно заявить к вычету, если по истечении указанного 180-дневного срока будет собран комплект необходимых документов (абз. 3 п. 9 ст. 165, п. 10 ст. 171 НК РФ).

Согласно п. 2 ст. 173 НК РФ в случае превышения суммы вычетов над величиной исчисленного налога, НДС подлежит возмещению. При этом декларацию с возмещением налога необходимо подать в течение трех лет с момента окончания соответствующего налогового периода. Что понимать в рассматриваемой ситуации под упомянутым налоговым периодом? Ответ на этот вопрос представлен в письме Минфина России от 03.02.2015 № 03-07-08/4181.

Специалисты ведомства пояснили, что налоговая база для расчета НДС по неподтвержденной нулевой ставке определяется на момент отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) (пп. 1 п. 1, п. 9 ст. 167 НК РФ). В связи с этим возместить налог после подготовки полного комплекта документов можно в течение трех лет после окончания того квартала, на который приходится дата отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг). Следует учитывать, что в арбитражной практике встречается и иная позиция по данному вопросу.

О том, к какому выводу приходят суды, см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".