В письме от 23.12.2014 № 03-04-06/66648 Минфин России рассмотрел вопрос относительно зачета НДФЛ, удержанного с доходов нерезидента.

Российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять удержанные суммы НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения. Сумма налога, уплачиваемая по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода работников этого подразделения (п. 7 ст. 226 НК РФ).

При этом сумма НДФЛ к уплате по месту нахождения обособленного подразделения определяется в общем порядке: нарастающим итогом с начала налогового периода по итогам каждого месяца по всем начисленным доходам, облагаемым по ставке 13 процентов, с зачетом удержанной в текущем налоговом периоде суммы НДФЛ (п. 3 ст. 226 НК РФ).

Исходя из этого, по мнению специалистов финансового ведомства, начиная с месяца, в котором сотрудник приобрел статус налогового резидента РФ, суммы НДФЛ, удержанные головной организацией по ставке 30 процентов, подлежат зачету, независимо от того, в каком подразделении (головном или обособленном) он теперь работает.

Подробнее о пересчете НДФЛ с доходов нерезидента см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".