Если реализация не облагается НДС, то полученные субсидии также освобождаются от налогообложения.
Организация, применяющая общую систему налогообложения, оказывала услуги перевозки пассажиров в общественном транспорте по тарифам, регулируемым государством. В связи с этим она получала субсидии из бюджета на возмещение недополученных доходов. У налогоплательщика возник вопрос, следует ли данные суммы включать в налоговую базу по НДС, если оказываемые услуги освобождены от НДС по пп. 7 п. 2 ст. 149 НК РФ.
На этот вопрос Минфин России ответил отрицательно в письме от 08.12.2014 № 03-07-07/62992. Согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Однако данная норма не применяется к операциям реализации, которые не облагаются (освобождаются от) НДС (п. 2 ст. 162 НК РФ). Поэтому суммы субсидий, полученные по необлагаемым НДС операциям, не следует облагать НДС. Аналогичные выводы Минфин России делал и ранее в письмах от 06.08.2014 № 03-07-14/38841, от 04.06.2010 № 03-07-05/24.
Подробнее см. справочник "Налог на добавленную стоимость".