Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ НДФЛ, удержанный с доходов работников, уплачивается в бюджет по месту нахождения организации. При этом организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять налог как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

В письме от 01.12.2014 № 03-04-06/61300 Минфин России рассмотрел вопрос, в какой бюджет следует уплачивать НДФЛ, удержанный с доходов дистанционного работника.

Ссылаясь на ст. 312.1 ТК РФ, в которой дано определение дистанционной работы, финансовое ведомство разъяснило, что подобная работа не отвечает признакам наличия обособленного подразделения, поскольку в соответствии с нормами данной статьи осуществляется вне какого-либо подразделения работодателя и вне стационарного рабочего места. Учитывая это, НДФЛ с дохода сотрудника, работающего дистанционно, следует уплачивать в бюджет по месту нахождения организации.

Подробнее об уплате НДФЛ налоговым агентом см. справочник "Налог на доходы физических лиц".