На основании пп. 33.1 п. 1 ст. 251 НК РФ при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются доходы в виде средств, полученных казенными учреждениями от оказания услуг (выполнения работ). Иные доходы формируют базу по налогу на прибыль организаций в общеустановленном порядке.

Минфин России в письмах от 07.04.2016 № 03-03-06/3/19798, от 18.02.2016 № 03-03-05/8970 разъяснил, что доход казенного учреждения от сдачи имущества в металлолом учитывается при определении налоговой базы по налогу на прибыль, поскольку не связан с оказанием услуг (выполнением работ).

В соответствии с п. 13 ст. 250 НК РФ стоимость материалов, полученных при демонтаже или разборке, ликвидации выводимых из эксплуатации основных средств (за исключением случаев, предусмотренных пп. 18 п. 1 ст. 251 НК РФ), признается внереализационным доходом.

Выручка от реализации металлолома в целях обложения налогом на прибыль является доходом от реализации (п. 1 ст. 249 НК РФ). Согласно пп. 2 п. 1 ст. 268 НК РФ его можно уменьшить на стоимость реализованного имущества (металлолома), которая определяется в порядке, установленном абз. 2 п. 2 ст. 254 НК РФ.

Таким образом, выручка, полученная от реализации металлолома, может быть уменьшена на его рыночную стоимость, ранее учтенную в составе доходов.