Согласно пп. 2 п. 2 ст. 265 НК РФ организация вправе учитывать в составе внереализационных расходов суммы безнадежных долгов. К таким долгам, в частности, относятся долги, обязательства по которым прекращены в связи с ликвидацией должника.

В письме от 25.03.2016 № 03-03-06/1/16721 Минфин России разъяснил, что после внесения в ЕГРЮЛ записи об исключении из реестра ликвидированного юридического лица кредитор вправе признать задолженность безнадежной и включить эту сумму в состав расходов, учитываемых при налогообложении прибыли. При этом документальным подтверждением ликвидации организации-должника может служить выписка из ЕГРЮЛ, полученная в порядке, установленном ст. 6 Федерального закона от 08.08.2001 № 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей".

Финансовое ведомство отметило, что указанная задолженность включается в расходы в том периоде, в котором должник исключен из реестра. Если факт ликвидации должника выявлен кредитором позже, то это признается ошибкой, которая исправляется в соответствии с п. 1 ст. 54 НК РФ, – перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за период, в котором допущена ошибка. Таким образом, во втором случае кредитор должен подать уточненную декларацию по налогу на прибыль.

Подробнее о безнадежной задолженности см. в справочнике "Налог на прибыль организаций".