Согласно п. 1 и 2 ст. 226 НК РФ организация, от которой или в результате отношений с которой физическое лицо получило доходы, в общем случае признается налоговым агентом по НДФЛ. Поэтому с выплачиваемых доходов она должна исчислить, удержать и уплатить налог в бюджет.

В письме от 09.03.2016 № 03-04-05/12891 Минфин России рассмотрел вопрос, может ли организация не удерживать НДФЛ с выплат по гражданско-правовому договору на выполнение работ (оказание услуг), если договором предусмотрена обязанность самого физлица уплачивать налог.

Финансовое ведомство пояснило следующее. Положения главы 23 НК РФ носят обязательный (императивный) характер и их применение не зависит от волеизъявления налогоплательщика и налогового агента. Поэтому вышеуказанное условие в договоре ГПХ на выполнение работ (оказание услуг) является ничтожным и, несмотря на такое условие, организация признается налоговым агентом и должна с выплачиваемых доходов удержать НДФЛ в общеустановленном порядке.

Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8". Подробнее см. здесь.

О порядке исчисления НДФЛ с выплат по гражданско-правовому договору см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".