Согласно п. 2 ст. 161 НК РФ российская организация признается налоговым агентом по НДС, если она приобретает на территории РФ товары (работы, услуги) у иностранной компании, не состоящей на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщика. При выплате дохода иностранной компании она должна исчислить, удержать и уплатить НДС в бюджет.

Согласно п. 3 ст. 171 НК РФ налоговый агент имеет право принять к вычету уплаченный НДС.

В письме от 06.04.2016 № 03-07-08/19500 Минфин России рассмотрел вопрос, в каком периоде налоговый агент вправе принять к вычету НДС, который он уплатил в бюджет при перечислении предварительной оплаты иностранному лицу.

Финансовое ведомство разъяснило, что НДС, уплаченный в бюджет при перечислении аванса иностранному лицу, налоговый агент вправе принять к вычету в том налоговом периоде, в котором соответствующие товары (работы, услуги) приняты к учету.

Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8". Подробнее см. здесь.

О том, когда налоговый агент вправе заявить к вычету НДС, уплаченный с аванса, см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".