Согласно пункту 2 ст. 230 НК РФ налоговые агенты (российские организации), имеющие обособленные подразделения, расчеты по форме 6-НДФЛ, заполненные в отношении работников обособленных подразделений, представляют в налоговые органы по месту учета каждого подразделения.

В письме от 23.03.2016 № БС-4-11/4901 ФНС России рассмотрела вопрос, должна ли организация представлять расчет 6-НДФЛ, если выплаты работникам обособленного подразделения не производились.

Налоговое ведомство разъяснило следующее. Обязанность представлять расчет 6-НДФЛ у организаций возникает, если они признаются налоговыми агентами в соответствии со ст. 226 НК РФ. Согласно п. 1 этой статьи организация признается налоговым агентом, если при выплате дохода у нее возникает обязанность исчислить, удержать и уплатить НДФЛ. Следовательно, если организация не производит выплаты работникам обособленного подразделения, она не признается налоговым агентом и у нее не возникает обязанности представлять расчет по форме 6-НДФЛ.

Некоторые налоговые органы при отсутствии выплат работникам рекомендуют сдавать нулевые расчеты по форме 6-НДФЛ. Формирование таких расчетов поддерживается в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

Подробнее о заполнении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".