Помимо доходов, с которых удерживается НДФЛ, налоговые агенты выплачивают работникам доходы, освобождаемые от НДФЛ на основании ст. 217 НК РФ.
В Порядке заполнения расчета по форме 6-НДФЛ (утв. приказом ФНС России от 14.10.2015 № ММВ-7-11/450@) не уточняется, нужно ли указывать в расчете такие доходы.
ФНС России выпустила письма от 23.03.2016 № БС-4-11/4900@ и № БС-4-11/4901, в которых разъяснила, что доходы, освобождаемые от НДФЛ в соответствии со ст. 217 НК РФ, в расчете по форме 6-НДФЛ не отражаются.
Данные разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".
Подробнее о заполнении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".