По общему правилу налоговые агенты по НДФЛ перечисляют в бюджет удержанный с доходов физлиц налог по месту своего учета (месту жительства) (п. 7 ст. 226 НК РФ).

При этом в абз. 4 п. 7 ст. 226 НК РФ данное правило уточнено для предпринимателей, применяющих спецрежимы ПСН и (или) ЕНВД. Они должны уплачивать НДФЛ в бюджет по месту учета в связи с осуществлением деятельности, облагаемой ЕНВД, или в рамках ПСН.

Это связано с тем, что место постановки на учет в качестве плательщика ЕНВД или ПСН не всегда совпадает с местом постановки на налоговый учет в качестве предпринимателя: предприниматели регистрируются в инспекции по месту жительства (п. 3 ст. 83 НК РФ), а регистрация в качестве плательщика ЕНВД или ПСН может быть произведена по месту осуществления деятельности (в зависимости от вида деятельности) (п. 2 ст. 346.28, п. 2 ст. 346.45, п. 1 ст. 346.46 НК РФ).

Что касается УСН, то регистрироваться дополнительно в каком-либо налоговом органе предпринимателю не нужно. Уведомление о применении УСН подается в инспекцию по месту жительства (п. 1 ст. 346.13 НК РФ).

Таким образом, если предприниматель совмещает несколько спецрежимов и зарегистрирован только в одном налоговом органе (например, по месту жительства по всем основаниям), то НДФЛ с доходов сотрудников необходимо уплачивать в бюджет по этому месту учета.

Если предприниматель состоит на учете в разных инспекциях (например, в одной – по месту жительства, а в двух других – как плательщик ЕНВД и как плательщик ПСН), то:

• НДФЛ с выплат физлицам, занятым в деятельности на УСН, платится в бюджет по месту жительства;
• НДФЛ с выплат физлицам, занятым в деятельности, облагаемой ЕНВД, платится в бюджет по месту учета в качестве плательщика ЕНВД;
• НДФЛ с выплат физлицам, занятым в деятельности, облагаемой ПСН, платится в бюджет по месту учета в качестве плательщика ПСН.

На это в разъяснениях указывают контролирующие органы (см. письма Минфина России от 29.02.2016 № 03-04-05/11213, от 19.01.2016 № 03-11-12/1500, ФНС России от 25.02.2016 № БС-3-11/763@).

Следует учитывать, что применяя различные режимы налогообложения, необходимо вести раздельный учет имущества, обязательств, доходов и расходов (п. 8 ст. 346.18, п. 7 ст. 346.26 НК РФ).

Подробнее об уплате НДФЛ налоговыми агентами см. справочник "Налог на доходы физических лиц".