НДФЛ с компенсации расходов на жилье при переезде в другую местность удерживать не обязательно.
Минфин России не раз говорил, что суммы возмещения расходов по найму жилья сотрудникам, переехавшим на работу в другую местность, облагаются НДФЛ (см., например, письма от 15.05.2013 № 03-03-06/1/16789, от 13.07.2009 № 03-04-06-01/165 и др.). Но, несмотря на это, налог можно не удерживать – именно такой подход превалирует в арбитражной практике.
Дело в том, что контролирующие органы и суды по-разному "читают" п. 3 ст. 217 НК РФ, согласно которому от НДФЛ освобождаются все виды компенсационных выплат, установленных действующим законодательством и связанных с исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей (включая переезд на работу в другую местность). По мнению чиновников, компенсация аренды жилья при переезде под действие данного пункта не подпадает. Однако суды трактуют данную норму иначе (см., например, постановления АС Северо-Западного округа от 28.08.2014 № А56-50900/2013, ФАС Восточно-Сибирского округа от 11.09.2013 № А19-2330/2013 и др.)
Оплату жилья при переезде в другую местность, гарантированную трудовыми договорами, арбитры признают расходами, связанными с обустройством работников на новом месте (ст. 169 ТК РФ). По их мнению, данная выплата является компенсационной, связана с исполнением трудовых обязанностей и предусмотрена законодательством, следовательно, не облагается НДФЛ (п. 3 ст. 217 НК РФ). Таким образом, работодатель вправе компенсировать иногородним сотрудникам расходы на жилье, не удерживая при этом НДФЛ. Имейте в виду: споры с налоговиками при таком подходе неизбежны, но шансы отстоять свою позицию в суде достаточно высоки.
Подробнее см. справочник "Налог на доходы физических лиц".