После исключения из книги покупок ошибочно зарегистрированного счета-фактуры следует подать уточненную декларацию по НДС.
В письме от 05.11.2014 № ГД-4-3/22685 ФНС России рассмотрела вопрос, как внести исправления в книгу покупок, если из нее нужно исключить ошибочно зарегистрированный счет-фактуру.
Налоговое ведомство разъяснило, что в случае ошибочной регистрации в книге покупок счета-фактуры (включая счет-фактуру, составленный в электронном виде), покупателю необходимо внести аннулирующие записи в дополнительный лист книги покупок, составленный за тот налоговый период, в котором ошибочно зарегистрирован счет-фактура. Аннулирование записей производится в порядке, предусмотренном п. 2 и 6 раздела IV Приложения № 4 Правил заполнения дополнительного листа книги покупок (утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Согласно этим пунктам в дополнительном листе заполняются строка "Итого", в которую переносятся итоговые данные из графы 16 книги покупок за тот налоговый период, в котором был зарегистрирован счет-фактура. Также заполняется строка "Всего", в которой подводится итог по графе 16 дополнительного листа. Для определения итога из показателей по строке "Итого" вычитаются показатели подлежащих аннулированию записей по счетам-фактурам.
В письме ФНС России также напомнила, что после внесения в установленном порядке изменений в книгу покупок налогоплательщик обязан представить по месту своего учета уточненную налоговую декларацию за тот налоговый период, в котором были внесены соответствующие изменения в книгу покупок.
Подробнее о дополнительном листе книги покупок см. справочник "Налог на добавленную стоимость".