Напомним, что с 1 октября 2014 г. продавцы-плательщики НДС могут не выставлять счета-фактуры покупателям, которые НДС не платят. Подробнее об этом см. здесь. К таким покупателям относятся (в том числе) налогоплательщики, применяющие УСН (п. 2, 3 ст. 346.11 НК РФ). Следовательно, при наличии соответствующего соглашения сторон продавец (исполнитель) вправе не выставлять счет-фактуру контрагенту, применяющему УСН.

При этом порядок учета плательщиком УСН в расходах предъявленного ему НДС не изменился. В частности, НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) может включаться плательщиком УСН в состав расходов в качестве отдельного основания (пп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). В письмах от 08.09.2014 № 03-11-06/2/44863, от 05.09.2014 № 03-11-06/2/44783 Минфин России разъяснил, что первичными документами, на основании которых суммы "входного" НДС отражаются в Книге учета доходов и расходов, в данном случае могут быть платежно-расчетные документы, кассовые чеки или бланки строгой отчетности, заполненные в установленном порядке. Однако сумма НДС должна быть выделена в них отдельной строкой. При этом счета-фактуры могут не представляться.

Подробнее о включении предъявленного НДС в расходы см. в справочнике "Упрощенная система налогообложения".