Для применения нулевой ставки НДС при экспорте в налоговый орган необходимо представить пакет подтверждающих документов, перечень которых утвержден в п. 1 ст. 165 НК РФ (пп. 1 п. 1 ст. 164 НК РФ). Предоставить их необходимо не позднее 180 дней со дня, когда товар был помещен под процедуру экспорта (абз. 1 п. 9 ст. 165 НК РФ). Если собрать документы по истечении 180-дневного срока, то сумму налога, уплаченную ранее по неподтвержденному экспорту, можно принять к вычету (п. 10 ст. 171 НК РФ). Такое право у организации сохраняется в течение трех лет со дня истечения соответствующего налогового периода (п. 2 ст. 173 НК РФ). При этом не ясно, с какого момента следует отсчитывать этот трехлетний срок: с окончания периода, в котором товар отгружен на экспорт, или с окончания периода, в котором собран полный пакет документов. Данную ситуацию в постановлении от 23.09.2014 № Ф05-10485/14 рассмотрел АС Московского округа. Суд указал, что трехлетний срок следует исчислять не с даты совершения операции, а с даты, когда фактически возникло право на вычет. То есть с даты, когда были собраны все необходимые документы согласно п. 1 ст. 165 НК РФ (в том числе ГТД, которая является обязательным документом, подтверждающим ставку 0 процентов по НДС). Напомним, что ФНС России и ВАС РФ придерживаются противоположной позиции (см., например, письмо ФНС России от 09.07.2014 № ГД-4-3/13341@, постановление Президиума ВАС РФ от 19.05.2009 № 17473/08).

Подробнее о том, с какого периода начинается исчисление трехлетнего срока для возмещения экспортного НДС, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".