Счета-фактуры заполняются в соответствии с Правилами, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 (далее – Правила). Однако из Правил не ясно, чей КПП – головной организации или обособленного подразделения – нужно указывать, если товары (работы, услуги) приобретаются или реализуются через обособленное подразделение. Данную ситуацию в письме от 05.09.2014 № 03-07-09/44671 прояснил Минфин России. Финансовое ведомство отметило, что необходимо указывать сведения, относящиеся к таким подразделениям. Если указать КПП головной организации, это не будет существенной ошибкой, так как не помешает инспекции идентифицировать продавца и покупателя. Таким образом, можно сделать обоснованный вывод, что принять НДС к вычету по такому счету-фактуре правомерно. Напомним, что ранее Минфин России придерживался противоположного мнения (см., например, письма от 03.04.2012 № 03-07-09/32, от 10.02.2012 № 03-07-09/06, от 02.11.2011 № 03-07-09/36).

Подробнее о том, является ли основанием для отказа в вычете НДС неправильное указание в счете-фактуре КПП обособленного подразделения, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".