Согласно п. 3 ст. 161 НК РФ организация, арендующая муниципальное имущество у органа местного самоуправления, признается налоговым агентом по НДС и, следовательно, при выплате доходов арендодателю обязана исчислить, удержать и перечислить НДС в бюджет.

Однако пп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ установлено, что оказание услуг казенными учреждениями не признается объектом налогообложения НДС. Таким образом, при аренде имущества у казенного учреждения обязанности исчислять НДС у арендатора не возникает.

В письме от 26.01.2016 № 03-07-11/2939 Минфин России рассмотрел вопрос, какой нормой должен руководствоваться арендатор, если он арендует муниципальное имущество у комитета по управлению муниципальным имуществом.

Финансовое ведомство разъяснило, что согласно п. 2 ст. 41 Федерального закона от 06.10.2003 № 131-ФЗ "Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации" представительный орган муниципального образования и местная администрация осуществляют полномочия в порядке, установленном для казенных учреждений. Поскольку комитеты по управлению муниципальным имуществом входят в структуру местной администрации, то на них также распространяются особенности правового положения казенных учреждений.

С учетом этого организация, арендующая муниципальное имущество у комитета по управлению муниципальным имуществом, не признается налоговым агентом по НДС и не должна исчислять НДС при перечислении арендной платы арендодателю на основании пп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ.

Подробнее об исчислении НДС при аренде государственного (муниципального) имущества см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".