Организации, применяющие УСН, в течение года уплачивают авансовые платежи по налогу (п. 3 и 4 ст. 346.21 НК РФ). Согласно п. 3 ст. 58 НК РФ за несвоевременную уплату авансовых платежей начисляются пени.

Ссылаясь на постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57, Минфин России в письмах неоднократно отмечал, что если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога меньше сумм авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, то пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению (письма от 30.10.2015 № 03-11-06/2/62714, от 24.02.2015 № 03-11-06/2/9012 и др.).

Однако механизм такого перерасчета Минфин не представил.

ФНС России выпустила письмо от 05.02.2016 № ЗН-4-1/1711@, в котором разъяснила, что для соразмерного уменьшения пеней необходимо произвести перерасчет авансовых платежей соразмерно сумме налога за налоговый период.

На практике это означает следующее. Если налогоплательщик на УСН несвоевременно уплатил, например, авансовый платеж за 1-й квартал и ему были начислены пени исходя из суммы авансового платежа, то по итогам года налоговый орган должен пересчитать эти пени исходя из суммы налога, исчисленного за год. Таким образом, пени уменьшатся.