При выплате физическому лицу аванса по гражданско-правовому договору следует удержать НДФЛ.
В своем письме от 26.05.2014 № 03-04-06/24982 Минфин России рассмотрел вопрос о том, должен ли налоговый агент удержать НДФЛ с аванса, выплаченного физическому лицу по гражданско-правовому договору.
Финансовое ведомство напомнило, что при определении налоговой базы по НДФЛ учитываются все доходы налогоплательщика, полученные как в денежной, так и в натуральной формах (п. 1 ст. 210 НК РФ). При этом дата фактического получения дохода в денежной форме определяется как день выплаты такого дохода (в т.ч. как день перечисления такого дохода на счет налогоплательщика в банке) (пп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ).
Следовательно, аванс, полученный по гражданско-правовому договору на выполнение работ (оказание услуг) считается доходом налогоплательщика в том налоговом периоде, когда он получен. При этом не имеет значения, что работы (услуги) по договору были выполнены налогоплательщиком в другом налоговом периоде.
Организация, выплатившая налогоплательщику аванс, является в силу статьи 226 НК РФ, налоговым агентом. Соответственно с выплаченных сумм удержать НДФЛ и перечислить его в бюджет.
Подробнее о том, должен ли налоговый агент удержать НДФЛ при выплате аванса по ГПД см. справочник "Налог на доходы физических лиц".