В случае несвоевременного возврата возмещаемого НДС налоговый орган должен уплатить проценты. Начисляются такие проценты с 12-го дня после завершения камеральной проверки, по итогам которой было вынесено решение о полном или частичном возмещении НДС (п. 10 ст. 176 НК РФ).

Однако НК РФ не содержит указания на то, с какого момента следует начислить проценты, если решение инспекции об отказе в возмещении НДС было признано судом недействительным.

ФАС Московского округа в своем постановлении от 26.06.2014 № Ф05-5975/2014 пришел к выводу, что начислять проценты в этом случае также следует с 12-го дня после завершения камеральной проверки.

Проанализировав нормы статьи 176 НК РФ, суд указал, что проценты, уплачиваемые при нарушении сроков возврата НДС, являются мерой защиты налогоплательщика. Если арбитражный суд отменяет решение инспекции об отказе в возмещении налога, это означает, что налоговый орган не выполнил возложенные на него обязанности.

Соответственно проценты начисляются с того момента, когда налог должен был быть возвращен в силу закона, если бы инспекция приняла надлежащее решение.

Подробнее о начислении процентов на суммы возмещения см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".