Согласно п. п. 1, 2 ст. 50 НК РФ обязанность по уплате налогов реорганизованного юридического лица исполняется его правопреемником независимо от того, были ли последнему известны до завершения реорганизации факты и (или) обстоятельства неисполнения или ненадлежащего исполнения первым указанных обязанностей. Кроме того, правопреемник должен уплатить все пени, причитающиеся по перешедшим к нему обязанностям, а также штрафы, наложенные на правопредшественника за совершение налоговых правонарушений до завершения реорганизации.

При присоединении одной организации к другой присоединившая организация признается правопреемником присоединившейся организации, в т.ч. в части исполнения обязанности по уплате налогов (п. 2 ст. 58 ГК РФ, п. 5 ст. 50 НК РФ). Даже если такая реорганизация состоялась в период проведения налоговой проверки обеих организаций, данное обстоятельство не прекращает налоговые обязательства присоединившейся организации. Связано это с тем, что ни п. 3 ст. 44, ни иные нормы НК РФ не содержат подобного основания прекращения обязанности по уплате налога и (или) сбора. Следовательно, доначисленные присоединившейся организации недоимки, пени, штрафы обязан будет уплатить правопреемник (присоединившая организация). Такой вывод следует из постановлений ФАС Поволжского округа от 02.07.2014 № А72-11993/2013, ФАС Западно-Сибирского округа от 31.10.2013 № А75-664/2013 (оставлено в силе определением ВАС РФ от 06.03.2014 № ВАС-1673/14).