Для применения нулевой ставки НДС и налоговых вычетов по экспортным операциям в налоговый орган необходимо представить документы, перечисленные в п. 1 ст. 165 НК РФ. Сделать это нужно в срок не позднее 180 календарных дней с даты помещения товаров под таможенную процедуру экспорта (абз. 1 п. 9 ст. 165 НК РФ). При невыполнении данного условия НДС исчисляется по ставке 18 либо 10 процентов (абз. 2 п. 9 ст. 165 НК РФ).
Однако если в будущем налогоплательщик соберет необходимые документы, то сумму НДС по неподтвержденному экспорту он имеет право принять к вычету. Декларацию с суммой налога к возмещению можно представить не позднее трех лет с момента окончания соответствующего налогового периода (п. 2 ст. 173 НК РФ).
Из данной формулировки не понятно, нужно ли отсчитывать три года с периода, в котором товар был отгружен на экспорт, либо с периода, в котором собран полный пакет подтверждающих документов. ФНС России в письме от 09.07.2014 № ГД-4-3/13341@, согласившись с позицией ВАС РФ по данному вопросу (см. постановление Президиума ВАС РФ от 19.05.2009 № 17473/08), указала, что соответствующим налоговым периодом признается квартал, в котором произошла отгрузка товаров (т.е. определена налоговая база) и был исчислен НДС по неподтвержденному экспорту.
Заметим, что точка зрения ведомства небесспорна. Так, некоторые суды высказывали мнение о том, что течение трехлетнего срока в указанном случае начинается, как только сформирован полный пакет документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ (см. постановление ФАС Московского округа от 24.02.2012 № А40-44190/11-91-191).

См. всю информацию об исчислении трехлетнего срока для возмещения экспортного НДС в справочнике "Налог на добавленную стоимость".

ФНС России в комментируемом письме также обратила внимание плательщиков НДС на то, что в отношении декларации по НДС с суммой налога к возмещению не действует общее правило п. 5 ст. 174 НК РФ о том, что она подается в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим кварталом.
Это означает, что такую декларацию нужно представить не позже трех лет с момента окончания налогового периода, в котором возникло право на вычет. Данный срок на 20 дней не продлевается. Аналогичная позиция сложилась и в арбитражной практике (см., например, постановление ФАС Московского округа от 14.03.2014 № Ф05-1660/2014).

Например, право на вычет возникло в сентябре 2011 года. Декларация с суммой НДС к возмещению должна быть подана не позднее 1 октября 2014 года, несмотря на то, что по общему правилу декларация за III квартал представляется не позже 20 октября 2014 года.