В рамках Таможенного союза НДС уплачивается по правилам, предусмотренным Соглашением о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе от 25.01.2008 и Протоколом о порядке взимания косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе от 11.12.2009 (далее – Протокол).
В письме от 28.07.2014 № 03-07-РЗ/36944 Минфин России рассмотрел ситуацию, связанную с обложением НДС услуг по перевозке товаров, оказанных российской компанией белорусской организации. Причем товары вывозились с территории Республики Беларусь и доставлялись на территорию Европейского союза без завоза в Россию.
Финансовое ведомство в приведенном разъяснении озвучило два вывода.
Во-первых, Минфин России напомнил, что НДС в рамках Таможенного союза платится в соответствии с законодательством того государства – члена Таможенного союза, территория которого признается местом реализации работ, услуг (ст. 2 Протокола). Согласно нормам ст. 3 Протокола применительно к услугам по перевозке товаров место реализации определяется на основании нахождения лица, оказывающего такие услуги. А поскольку товары перевозила российская организация, соответственно, данные операции облагаются НДС по правилам НК РФ.
Во-вторых, ведомство пояснило, что ставка НДС 0 процентов применяется при международных перевозках при условии, что один из пунктов отправления либо назначения товаров расположен в России, а другой – за ее пределами (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ). Если же данное правило не выполняется, например, если товар транспортируется с территории одного иностранного государства в другое иностранное государство, то российский перевозчик обязан уплатить с такой операции НДС по ставке 18 процентов.

См. всю информацию об исчислении и уплате НДС в рамках Таможенного союза в справочнике "Налог на добавленную стоимость".